Если сравнить фотографии нового храма и старого, который раньше стоял на этом месте, бросается в глаза, что они достаточно сильно отличаются.
Фото 1882 года из Википедии. Нынешний храм поднят на высокий подклет. Изменён рисунок кровли, пропорции главок...
Надо отдать должное, Преображенская церковь красотой не отличается. В Москве до сих пор не восстановлены десятки церквей, которые на самом деле были её украшением. Я бы восстанавливал прежде всего именно их. Иногда, если место уже занято, даже где-то рядом. Но храм в Преображенском - это объект, прежде всего не художественно-архитектурный, а исторический. Связанный с историей российской армии. Поэтому восстановление её в прежнем, пусть даже не очень изысканном, виде лично я считаю разумным решением. С другой стороны, разумными считаю и некоторые, не очень большие, изменения в её внешнем облике. Совсем уж пренебрегать красотой тоже не стоит. И, если есть возможность сделать объект красивее, не внося в него изменения, делающие его неузнаваемыми, то надо эту возможность использовать.