Потому что установившийся с приходом советов в странах Балтии государственный строй держался на штыках. Если первоначально в 40-41-м у многих местных были ещё какие-то иллюзии, то в 1944-м, уже знающие, что такое советская власть, прибалты её явно не хотели.
Активная фаза сопротивления закончилась через несколько лет, но это не значит, что местные полюбили новые порядки. Просто, осознав степень своего бессилия, они с ними смирились.
Вот, не имевшие до этого своей государственности Украина и Белоруссия, остались с Россией после революции и Гражданской войны как-то естественно, без большого сопротивления. В Прибалтике же было большое стремление к отделению, к национальной независимости.
Хотя, вопрос об оккупации Прибалтики – это достаточно сложный вопрос. Мы привыкли, что метрополия непременно грабит колонии. Но в СССР Российская Федерация (иногда ещё и славянские Украина с Белоруссией) выступали донорами остальных союзных республик. При этом, насаждаемые коммунистами порядки очень часто имели для этих республик (как и для самой России) трагические последствия.
Скажем, в Украине и Казахстане миллионы людей умерли от голода. Но при этом за советский период республики получили мощный индустриальный потенциал. В Украине его, к сожалению, просрали, а Казахстан именно благодаря своей промышленности является одной из самых благополучных стран на постсоветском пространстве.
В Прибалтике же коллективизация привела к деградации тамошнего сельского хозяйства. Идеологически «правильные» колхозы везде оказались менее эффективны, чем частные хозяйства. Идеология порождает много словесного поноса, но хлеба она не добавляет.
Так что пребывание в нерушимом Союзе, с одной стороны, приводило к застою и деградации (общей болезни всей страны), с другой стороны – республики десятилетиями доили метрополию, пользуясь её дотациями. Думаю, где-нибудь в Таджикистане советские времена многие вспоминают со слезами на глазах. Врач или учитель в каком-то кишлаке получал наравне со своим коллегой из Москвы, а жил, благодаря низким ценам, большому саду, двухэтажному дому, личному гаражу с купленной на продаже урюка машиной, даже намного лучше большинства москвичей. Нынче таджики за гроши моют в Москве полы и месят бетон.
P.S. Прошу не воспринимать мой пост, как призыв вновь присоединять к России Среднюю Азию, Калифорнию и Аляску. Согласие, как говорил монтёр Мечников – продукт непротивления двух сторон. Если таджики проведут референдум, выскажутся на нём подавляющим большинством за присоединение к России… Если после этого россияне проведут референдум – и тоже подавляющим большинством выскажутся за воссоединение с Таджикистаном. Ну, что же… Тогда так тому и быть! Но что-то я сомневаюсь, что такое случится. Во всяком случае – в ближайшие десятилетия.